Al triunfo de la Revolución el 1ro. de enero de 1959, Cuba poseía una ganadería extensiva, basada fundamentalmente en pastos naturales de baja calidad, que distaba mucho de satisfacer las necesidades de la población. Con relación a otras especies animales la situación era aún peor.

Es por ello que el Gobierno Revolucionario, en la persona del Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz, orienta la fundación de una institución científica que buscara soluciones en materia de alimentación para el desarrollo acelerado de la producción pecuaria en el país, y entonces es así que el 8 de marzo de 1962 se funda la Estación Experimental de Pastos y Forrajes cuyo nombre surgió de una conversación sostenida entre Julio Suárez y Rolando Fernández, quienes decidieron el de Indio Hatuey, pues no había otro con igual designación en el país. Inmediatamente se inicia el proceso de construcción de las instalaciones con un grupo de trabajadores de los que cuatro eran investigadores que tenían la función de trabajar en la proyección y ejecución de experimentos, en la creación de las condiciones para ejecutarlos, la adaptación de terrenos, los sistemas de riego y drenaje y el montaje de los laboratorios, entre otras actividades. Dicha institución quedó ubicada en el Central España Republicana, municipio de Cárdenas (actualmente Perico), provincia de Matanzas.

La Estación fue el primer centro de la rama agropecuaria fundado por la Revolución y por eso se trató de investigar en una gama muy amplia de problemas. Pocos años después se fundó el Instituto de Ciencia Animal, el cual tomó a su cargo las investigaciones relacionadas con la nutrición animal en las ramas bovina, avícola y porcina, así como el desarrollo de otros alimentos para la alimentación del ganado; a partir de ese momento la Estación perfiló sus investigaciones alrededor de los pastos y forrajes como base de la alimentación del ganado vacuno, que fue su principal objetivo desde su fundación.

Su primer director fue el Ing. Rolando Fernández (1962-1964), quien a principios del año 1962 regresó de una gira por Francia y Japón cuya finalidad fue la adquisición de conocimientos en lo referente a la alimentación del ganado y su utilización y manejo.

La EEPF Indio Hatuey comenzó a funcionar como “Plan especial Costa Norte”, atendido por el Instituto Nacional de la Reforma Agraria (INRA), y recibió los recursos directamente de la Junta Central de Planificación (JUCEPLAN).